Стволовые клетки обладают некоторыми характерными морфологическими признаками, типичными для мало дифференцированных "примитивных" клеток. Например, стволовые клетки эпидермиса ладони имеют небольшие размеры и относительно большое ядерноцитоплазматическое отношение, их поверхность покрыта большим количеством микроворсинок, среди которых имеются вкрапления десмосом. Цитоплазма заполнена свободными рибосомами, митохондриями и меланосомами. Кроме того, в этих клетках мало кератиновых филаментов и ядерный хроматин распределен диффузно.
Однако морфологические признаки не позволяют провести четкую границу между стволовыми и транзиторными клетками. Поэтому для идентификации стволовых клеток нужны иные маркеры.
Поиски маркеров предпринимаются для выделения стволовых клеток в чистом виде, что, с одной стороны, позволяет изучать их биологию, а с другой - использовать в клинической практике. Лучше всего изучены маркеры гемопоэтических стволовых клеток. Известны маркеры для стволовых и прогениторных нейральных клеток, например Musashi 1. Одним из характерных маркеров эмбриональных стволовых клеток является Oct4.
Много исследований было посвящено иммунофлуоресцентному выявлению маркеров эпидермальных стволовых клеток. Среди предложенных маркеров можно отметить кератин 19, интегрин b1, внутриклеточный белок рбЗ. Изучение экспрессии маркеров показало, что между стволовыми и транзиторными клетками трудно провести четкую границу, поэтому для выделения эпидермальных стволовых клеток используют несколько маркеров.
Исследования показали также, что предполагаемые стволовые клетки экспрессируют высокий уровень интегрина аб, входящего в комплекс десмосом, и низкий уровень маркера клеточной поверхности (рецептор трансферрина), который распознается монокло-нальными антителами 10G7. Было предположено, что клетки с фенотипом a6bn10G7dim (яркая флуоресценция аб и тусклая флуоресценция 10G7) представляют собой эпидер-мальные стволовые клетки, составляющие около 8% эпидермальных клеток, и проявляют самую высокую способность к регенерации.
По другим оценкам, фракция стволовых эпидермальных клеток составляет от 1 до 10% клеток базального слоя. Точная оценка фракции стволовых клеток затруднена методически, а также ввиду того, что часть транзиторных клеток еще сохраняет свойства стволовых клеток.
Однако все известные в настоящее время маркеры не позволяют с полной уверенностью отделить стволовые клетки от транзиторных. Как было указано ранее, между этими двумя группами клеток наблюдается постепенный переход.